„Не всичко което блести е злато.“

Раждането на мозъчните тръстове като такива е тясно свързано с политическите събития от средата на деветдесетте. Според лидера на ЦСП Евгений Дайнов става дума за период на криза на демократичния преход, през който „носталгията по миналото кара българското общество да се губи по погрешни пътища“. В една статия на английски, предназначена за чуждестранната публика, лидерът на ЦЛС Иван Кръстев обяснява появата на мозъчните тръстове в Източна Европа като реакция на възхода на икономическия популизъм след изборните провали през средата на деветдесетте, на политическите партии, защитаващи либералните реформи в бившите комунистически страни: „Публичният дебат беше удавен в една политическа и социална носталгия и консенсусът за реформата се разпадна“. В този смисъл според Кръстев мозъчните тръстове се появяват, за да упражнят натиск, чрез който да се подпомогне програмата за реформи. Тази „абсолютна необходимост“, която обосновава съществуването на мозъчните тръстове, е повтарящ се мотив във всички разкази за създаването на мозъчните тръстове.

Създаването и институционалната стабилизация на повечето български мозъчни тръстове съвпадат със засилването на политическата борба между СДС и БСП. Кулминационната точка на тази конфронтация е политическата криза от есента на 1996–1997 г., която завършва с „улична революция“, подобна на тази в Украйна от 2004 г. Тогава столицата е разтърсена от манифестации, студентски протести и стачки, насочени срещу социалистическото правителство на Жан Виденов, създадено през 1995 г. след оставката на правителството на Любен Беров.

В този контекст вече съществуващите мозъчни тръстове като ЦЛС се утвърждават като защитници на либералната програма, поддържайки опозиционната партия СДС, а други са създадени, „за да засилят натиска на гражданското общество срещу анти модернизаторската власт“. Иван Кръстев заявява без заобикалки: „правилната партия е дясната партия“.

Множество свидетелства за събитията от това време представят лидерите на мозъчните тръстове като герои на приказка, в която демокрацията печели срещу злото, което неспирно задушава страната: мафията на ченгетата на БСП. Евгений Дайнов си приписва ролята на революционер „във втората демократична революция срещу червените след 1989 г..“. Той лично присъства „на барикадите“ при Софийския университет, където организира, подбужда и подкрепя съпротивата на студентите. „Успяхме да вземем властта от червените! Показахме, че сме красиви, независими и способни!“, казва той, разказвайки за дните и нощите на кипежа на „второто раждане на българската демокрация“.

В този случай мозъчните тръстове се явяват като родилки при болезненото раждане, което трябва да допълни (изкупи) липсата на „истинско дисидентство“. Така „втората демократична революция“ символично, но и практически поставя началото на официалната история на мозъчните тръстове. Вътрешната политическа конюнктура и финансовата помощ на чуждестранните фондации в полза на „втората българска демократична революция“ подтикват създаването на нови мозъчни тръстове. След парламентарните избори от юни 1997 г., които дават властта на СДС, експерти, които дотогава работят индивидуално за тази партия, създават постоянни структури: мозъчния тръст на Огнян Минчев ИРМИ, основан през юни 1997 г.; CEE, създаден от Георги Прохаски „на базата на група от експерти икономисти, работещи заедно от времето на икономическата криза от есента на 1996 г.“ в пряка връзка с централния щаб на СДС; Европейския институт: основан от депутата на СДС Станислав Даскалов. Други мозъчни тръстове, които са директно свързани със структурите на СДС и с лидерите на партията, също се появяват на бял свят точно след 1997 г., но не участват директно в това проучване, понеже не добиват същата роля, същата видимост и трайност в мрежата на българските мозъчни тръстове. Те изпълняват конюнктурни нужди, свързани с един къс времеви отрязък. Можем да посочим например Евро атлантическата фондация на Мария Семерджиева, фондация „Демокрация“, създадено от премиера Иван Костов, фондация „Бъдеще за България“, създадена от президента на републиката Петър Стоянов, и т.н.