„Животът е кратък, славата – дълга.“

През втората половина на септември 1790 г., когато руските войски наближили Дунава, било необходимо да се изпрати гребна флотилия от устието на Днепър-Буг към Дунав. Ушаков лично разработил заповед за преминаването на флотилията, която била представена на нейния командир на 28 септември 1790 г., и план за прикриване на флотилията от морето от евентуална намеса на турския флот.

Общата ситуация след поражението на турската ескадра край Тендра била доста успешна, но неблагоприятните ветрове не позволили на флотилията да напусне устието за дълго време, във връзка с което самият Ушаков се забавил с изхода. Едва на 16 октомври, след като получил информация за излизането на флотилията, Ушаков излязъл в морето. В неговата ескадра имало 14 бойни кораба, 4 фрегати и 17 крайцера. На 17 октомври, след кратък престой в Хаджибей, Лиманската флотилия, състояща се от 38 гребни кораба и отряд транспорти с десант (800 души), достигнала устието на Днестър, където на следващия ден се присъединила към флотилията на Запорожските казаци, състояща се от 48 лодки и се насочили към Сулинския ръкав на Дунав. Тук турската речна флотилия (23 кораба) и две крайбрежни батареи (13 оръдия) блокирали пътя.
С решителните действия на командването на руската флотилия това препятствие бързо било премахнато. Батареите били превзети в битка чрез десант (около 600 души), стоварени от корабите на флотилията, а вражеската флотилия, победена в битка, загубила плаваща батарея и 7 транспортни кораба с боеприпаси и храна, бързо се оттеглила нагоре по Дунава. Продължавайки да действа по Дунава, руската Лиманска флотилия завзела на 6 и 7 ноември турската крепост Тулча, а на 13 ноември и крепостта Исакча. В битките с вражеските флотилии, разположени в тези крепости, унищожени, изгорени и пленени са голям брой турски кораби, оръдия, боеприпаси и храна.

В съответствие с плана ескадрата на Ушаков се приближила до Дунав на 21 октомври, когато ариергардът на Лиманската флотилия вече навлизал в устието. Задачата на Ушаков била да предотврати проникването на вражески подкрепления от морето в Дунав и по този начин да осигури успешните операции на руската гребна флотилия, предназначена да помогне на Суворов. Ушаков остава в устието на Дунав до 10 ноември, след което тръгнал да търси врага до румелийските брегове, а на 14 ноември 1790 г., когато става ясно, че турската флота не може да попречи на действията на флотилията на Дунав, той се върнал в Севастопол.
На 18 ноември гребната флотилия започнала системно бомбардиране на Измаил и турските кораби, които са под защитата на крепостта. Между 18 и 27 ноември руската флотилия унищожила 43 каботажни кораба, 45 транспортни кораба, 10 лодки, шхуна и повече от 40 ферибота.

Непосредствено преди нападението на Измаил от войските на Суворовската флотилия (567 оръдия), заедно с батареите на остров Чатал, бомбардирали Измаил и в деня на нападението участвали в превземането на крепостта. Известно е, че Измаил е превзет с концентрична атака на девет колони: шест атакуващи от сушата и три колони, съставени от войски, щурмуващи крепостта от страната на реката.
Флотилията действала при нападението на Измаил в две линии: в първата линия имало кораби с десантни сили, във втората – кораби, които покривали десанта с огъня на оръдията си. На 11 декември сутринта флотилията, под прикритието на непрекъснат огън от корабните оръдия, стоварили войските. Първата колона бързо завладява укрепленията на брега. Втората колона среща по-силна съпротива, но все пак овладяват противниковата батарея. Третата колона излязла на брега в най-трудните условия, под силен огън от вражеския редут. И трите колони след ожесточени битки се обединили с войските, които щурмували крепостта от сушата. На този ден всички укрепления били в ръцете на руснаците. Започнало нападението на самия град и сред отрядите, които първи нахлули в центъра на града, имало десант, стоварен от корабите на флотилията.

Завладяването на Измаил от Суворов и действията на Ушаков през този период в Черноморския театър се основават на единен стратегически план. Чрез поражението на турския флот край Тендра и последващите действия Ушаков осигурил безопасното преминаване на флотилията към Дунава и прикрил нейните операции от морето по време на прякото настъпление към Измаил, което оказало сериозна услуга на войските на Суворов. Действията на Лиманската флотилия край Измаил били високо оценени от Суворов и Потемкин.